Biographie
Florian Massip est un chercheur dont les travaux se situent à l’intersection de la bioinformatique, de la génomique et de l’analyse des données biologiques à haute résolution. Ses recherches portent notamment sur le développement d’outils computationnels pour l’analyse spatiale des transcrits ARN, avec des applications en segmentation cellulaire et en caractérisation des types cellulaires *in situ*. Ses contributions incluent des méthodes innovantes comme ComSeg, conçues pour améliorer la précision de la cartographie des ARN dans des tissus complexes, indépendamment des biais liés à la forme cellulaire. Parallèlement, il explore les mécanismes moléculaires sous-jacents à des pathologies comme le cancer du poumon, en intégrant des données transcriptomiques et génétiques pour élucider les liens entre exposition environnementale (tabagisme) et risque persistant. Ses travaux récents abordent également l’évolution bactérienne, en proposant des modèles statistiques pour distinguer les transferts horizontaux de gènes des processus verticaux, ainsi que l’étude des origines de réplication chez les vertébrés et leur dynamique évolutive.
Publication(s)
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2024
A point cloud segmentation framework for image-based spatial transcriptomics DOI : 10.1038/s42003-024-06480-3
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2024
Smoking-associated gene expression alterations in nasal epithelium reveal immune impairment linked to lung cancer risk DOI : 10.1186/s13073-024-01317-4
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2024
Modeling the mosaic structure of bacterial genomes to infer their evolutionary history DOI : 10.1073/pnas.2313367121
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2023
Dimeric G-quadruplex motifs-induced NFRs determine strong replication origins in vertebrates DOI : 10.1038/s41467-023-40441-4
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2023
IL-33 Expression Is Lower in Current Smokers at both Transcriptomic and Protein Levels DOI : 10.1164/RCCM.202210-1881OC
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2023
An interactive murine single-cell atlas of the lung responses to radiation injury DOI : 10.1038/s41467-023-38134-z
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2022
Determinants of expression of SARS-CoV-2 entry-related genes in upper and lower airways DOI : 10.1111/all.15152
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2021
Locus specific epigenetic modalities of random allelic expression imbalance DOI : 10.1038/s41467-021-25630-3
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2021
Identical sequences found in distant genomes reveal frequent horizontal transfer across the bacterial domain DOI : 10.7554/eLife.62719
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2019
Evolution of replication origins in vertebrate genomes: Rapid turnover despite selective constraints DOI : 10.1093/nar/gkz182
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2016
Evolutionary dynamics of selfish DNA explains the abundance distribution of genomic subsequences DOI : 10.1038/srep30851
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2016
Comparing the statistical fate of paralogous and orthologous sequences DOI : 10.1534/genetics.116.193912
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2015
How evolution of genomes is reflected in exact DNA sequence match statistics DOI : 10.1093/molbev/msu313
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2015
Statistical properties of pairwise distances between leaves on a random Yule tree DOI : 10.1371/journal.pone.0120206
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2013
Neutral evolution of duplicated DNA: An evolutionary stick-breaking process causes scale-invariant behavior DOI : 10.1103/PhysRevLett.110.148101
Enseignements
Période d'enseignement d'option (octobre+janvier)
Direction(s) de thèse(s)
- 2025 Apprentissage automatique en bioinformatique: développement de méthode d’analyse de données transcriptomiques AYADI Youmna
- 2023 Analyse des propriétés statistiques des génomes bactériens afin de discerner des facteurs favorisant l'échange de gène et les événements de migration ETHEIMER Paul
- 2022 Identification de biomarqueurs à partir de données transcriptomiques grâce à la méthode des knockoffs : application à des cohortes de cancérologie CARTIER Julie