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Centre de bio-informatique (CBIO)

La recherche au centre de bio-informatique vise à développer des modèles et des algorithmes pour analyser et comprendre les données biologiques et chimiques, en particulier à travers des modèles probabilistes et des algorithmes d'apprentissage statistique. L’objectif sur le long terme est, à travers de multiples collaborations, de contribuer au développement de nouvelles thérapies en particulier contre le cancer. Afin d'atteindre ces buts les projets s'articulent autour de 5 axes:

  • Bio-informatique et analyse de données biologiques structurées et hétérogènes (séquences génomiques, structures de protéines, réseaux de gènes...), applications en diagnostic, prognostic, et médecine personnalisée.
  • Biologie des systèmes: analyse et reconstruction de réseaux de gènes, intégration de données génomique avec les réseaux de gènes.
  • Traitement et analyse de données pour les nouvelles technologies du vivant, en particulier les puces à ADN, le NGS, les puces à cellules et la microscopie cellulaire
  • Criblage virtuel: docking, apprentissage statistique sur des bases de données de molécules, chemogénomique
  • Théorie et algorithmes en apprentissage statistique: apprentissage sur des données structurées, analyse théorique d'algorithmes d'apprentissage.

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Chloé-Agathe Azencott, Héctor Climente-González. martini: an R package for genome-wide association studies using SNP networks Preprint, 2021

Xavier Pichon, Konstadinos Moissoglu, Emeline Coleno, Tianhong Wang, Arthur Imbert, Marion Peter, Racha Chouaib, Thomas Walter, Florian Mueller, Kazem Zibara, Edouard Bertrand, Stavroula Mili. The kinesin KIF1C transports APC-dependent mRNAs to cell protrusions Preprint, 2021

Adham Safieddine, Emeline Coleno, Soha Salloum, Arthur Imbert, Abdel-Meneem Traboulsi, Oh Sung Kwon, Frédéric Lionneton, Virginie Georget, Marie-Cécile Robert, Thierry Gostan, Charles-Henri Lecellier, Racha Chouaib, Xavier Pichon, Hervé Le Hir, Kazem Zibara, Florian Mueller, Thomas Walter, Marion Peter, Edouard Bertrand. A choreography of centrosomal mRNAs reveals a conserved localization mechanism involving active polysome transport Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), pp.1352. ⟨10.1038/s41467-021-21585-7⟩

Florian Heil, Galina Babitzki, Alice Julien-Laferriere, Chia Huey Ooi, Manuel M. Hidalgo, Christophe Massard, Mariá J. Martinez-Garcia, Christophe Le Tourneau, Mark M. Kockx, Peter Gerber, Simona Rossomanno, Oliver Krieter, Angelika Lahr, Norbert Wild, Suzana Vega Harring, Katharina Lechner. Vanucizumab mode of action: Serial biomarkers in plasma, tumor, and skin-wound-healing biopsies Translational Oncology, Elsevier, 2021, 14 (2), ⟨10.1016/j.tranon.2020.100984⟩

Mathieu Roumiguie, Xavier Paoletti, Yann Neuzillet, Romain Mathieu, Sebastien Vincendeau, François Kleinclauss, Arnaud Mejean, Laurent Guy, Marc Olivier Timsit, Thierry Lebret. Apalutamide, darolutamide and enzalutamide in nonmetastatic castration-resistant prostate cancer: a meta-analysis Future Oncology, Future Medicine, 2021, ⟨10.2217/fon-2020-1104⟩

Benoit Playe, Véronique Stoven. Evaluation of deep and shallow learning methods in chemogenomics for the prediction of drugs specificity Journal of Cheminformatics, Chemistry Central Ltd. and BioMed Central, 2020, 12 (1), ⟨10.1186/s13321-020-0413-0⟩

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