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Centre de bio-informatique (CBIO)

La recherche au centre de bio-informatique vise à développer des modèles et des algorithmes pour analyser et comprendre les données biologiques et chimiques, en particulier à travers des modèles probabilistes et des algorithmes d'apprentissage statistique. L’objectif sur le long terme est, à travers de multiples collaborations, de contribuer au développement de nouvelles thérapies en particulier contre le cancer. Afin d'atteindre ces buts les projets s'articulent autour de 5 axes:

Bio-informatique et analyse de données biologiques structurées et hétérogènes (séquences génomiques, structures de protéines, réseaux de gènes...), applications en diagnostic, prognostic, et médecine personnalisée.
Biologie des systèmes: analyse et reconstruction de réseaux de gènes, intégration de données génomique avec les réseaux de gènes.
Traitement et analyse de données pour les nouvelles technologies du vivant, en particulier les puces à ADN, le NGS, les puces à cellules et la microscopie cellulaire
Criblage virtuel: docking, apprentissage statistique sur des bases de données de molécules, chemogénomique
Théorie et algorithmes en apprentissage statistique: apprentissage sur des données structurées, analyse théorique d'algorithmes d'apprentissage.

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Vivien Goepp, Jan van de Kassteele. Graph-Based Spatial Segmentation of Health-Related Areal Data Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2022, ⟨10.48550/arXiv.2206.06752⟩

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Cl�mence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas. Accelerating metabolic models evaluation with statistical metamodels: application to Salmonella infection models Preprint, 2022

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